Las enseñanzas artísticas y deportivas son también para nuestro centro un pilar esencial, dotando a la Educación Musical y a la Educación Física de un gran protagonismo en la vida de nuestro colegio: la orquesta de flautas formada por alumnos del centro, o una oferta extensa y nutrida de actividades complementarias y extraescolares relacionadas con el deporte escolar son referentes de la importancia que estas enseñanzas reciben en nuestro centro. Además, estamos introduciendo metodologías activas en educación primaria a través del aprendizaje basado en proyectos y en problemas, y sustituyendo algunos de los libros de texto por materiales alternativos.

Además, el CEIP San Juan Bautista apuesta por la verdadera inclusión educativa de los alumnos con necesidades educativas especiales, por lo que nuestro proyecto educativo contempla medidas específicas de atención a la diversidad del alumnado.

En la actualidad, el San Juan Bautista es el centro preferente en atención a alumnos con TEA (trastorno del espectro autista) más antiguo de la localidad, y fue uno de los primeros de la CAM).

Otro de los ejes fundamentales del proyecto educativo del San Juan Bautista es el fomento de la participación de los padres en la vida del centro a través de diferentes actividades en las que estos colaboran con los profesores.